สำนักแผนและพัฒนาได้จัดตั้งขึ้นในเดือนกันยายน ปีการศึกษา 2552 จากการที่มหาวิทยาลัยมองเห็นความสำคัญของงานนโยบายและแผนในการจัดทำแผนการพัฒนามหาวิทยาลัย การติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผล ให้ดำเนินไปอย่างมีทิศทาง มีความ สอดคล้องกับสภาพความเปลี่ยนแปลงของสังคม นโยบายของมหาวิทยาลัยตลอดจนบริบทอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง สำนักแผนและพัฒนาเป็นหน่วยงานตรวจสอบและประเมินผลให้ดำเนินไปอย่างมีทิศทางมีความสอดคล้องกับสภาพความเปลี่ยนแปลงของสังคม นโยบายของมหาวิทยาลัยตลอดจนบริบทอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง นโยบายและแผนเป็นหน่วยงานในโครงสร้างการบริหารงานของฝ่ายวิจัย วางแผน และพัฒนา มหาวิทยาลัยเจ้าพระยาโดยมีรองอธิการบดีเป็นผู้บังคับบัญชา และมีผู้อำนวยการสำนักแผนและพัฒนาเป็นผู้กำกับดูแลการบริหารจัดการภายในสำนักงานตลอดจนมีคณะกรรมการฝ่ายวิจัย วางแผน และพัฒนา (ส่วนงานสำนักแผนและพัฒนา) ที่มาจากทุกภาคส่วนของทุกหน่วยงานในมหาวิทยาลัยร่วมดำเนินงานเพื่อให้เป็นไปตามนโยบายของมหาวิทยาลัย